Στο νέο ενετικό οχυρό περίβολο την περίοδο πριν το 1562 διαμορφώθηκαν τρεις πύλες από τις οποίες ο πληθυσμός επικοινωνούσε με την ύπαιθρο. Στις δύο απ' αυτές κατέληγαν οι δυο κύριοι δρόμοι που διέσχιζαν τα προάστεια της παλιάς πόλης. Ο προς δυσμάς οδικός άξονας η Strada Larga ή Πλαθιά Στράτα, που αντιστοιχεί στη σημερινή Λεωφόρο Καλοκαιρινού, καθόρισε τη θέση της πρώτης πύλης που ονομάστηκε Πύλη του Παντοκράτορα.
Ο προς το νότο οδικός άξονας, η σημερινή οδός 'Εβανς, καθόρισε τη θέση της δεύτερης πύλης που λεγόταν Πύλη του Ιησού.
Η επικοινωνία της πόλης με τα ανατολικά προάστεια και την ύπαιθρο εξυπηρετήθηκε με την Πύλη του Αγίου Γεωργίου.
Κοινό χαρακτηριστικό των τριών πυλών ήταν ότι ανοίγονταν εγκάρσια στις επιχωματώσεις του οχυρού περιβόλου και είχαν περιορισμένες διαστάσεις. Η έξοδος των πυλών από την πόλη προς την ύπαιθρο καλυπτόταν από το ημικυκλικό τμήμα του παρακείμενου προμαχώνα και προστατευόταν από τα πυρά του, καθώς και από τα πυρά της γειτονικής χαμηλής πλατείας.
Οι τρεις κύριες πύλες του χερσαίου περιβόλου είχαν διπλό ρόλο, στρατιωτικό και πολιτικό. Μέσα απ' αυτές διακινούνταν τόσο τα στρατιωτικά σώματα από και προς το φρούριο, όσο και ο πληθυσμός από και προς την πόλη. Απ' αυτές γινόταν επίσης και ο εφοδιασμός της πόλης με αγροτικά προϊόντα, τρόφιμα και γενικά με ότι δε μεταφερόταν στο Χάνδακα από τη θάλασσα.
Εκτός από τις τρεις μεγάλες πύλες του χερσαίου τμήματος, κατασκευάστηκαν πύλες και στο παράκτιο τμήμα που και αυτές εξυπηρετούσαν πολιτικούς και στρατιωτικούς σκοπούς.
Για την επικοινωνία με το λιμάνι υπήρχε στο τέλος της σημερινής οδού Μαρτύρων 25ης Αυγούστου, η Πύλη του Μόλου, η οποία ήταν μέρος της βυζαντινής οχύρωσης.
Υπήρχαν ακόμη πολλές πύλες με αποκλειστικά στρατιωτική χρήση. Απ' αυτές εξασφαλιζόταν η διακίνηση των στρατιωτικών σωμάτων και η επικοινωνία μεταξύ διαφόρων τμημάτων του φρουρίου. Τέλος στην περιοχή του λιμανιού δημιουργήθηκαν κατά την τελευταία κυρίως περίοδο της Βενετοκρατίας, μικρές πύλες που εξυπηρετούσαν την επικοινωνία μεταξύ των χώρων των νεωρίων και των νεωρίων με την πόλη και την ανατολική αμμώδη παραλία.
Για λόγους προστασίας του φρουρίου οι τρεις μεγάλες πύλες άνοιγαν με την ανατολή του ήλιου και έκλειναν με τη δύση του. Ο έλεγχος της διακίνησης του πληθυσμού και η φρούριση των πυλών είχε ανατεθεί σε στρατιωτικά σώματα της Milizia Italiana. Οι παράπλευροι στο κεντρικό τμήμα χώροι τους χρησίμευαν ως αποθήκες όπλων και πολεμοφοδίων και ως χώροι παραμονής, αλλά όχι μόνιμου στρατωνισμού, της φρουράς τους.
Κατά τη διάρκεια της πολιορκίας του Χάνδακα από τους Τούρκους, τότε που ο αποκλεισμός του φρουρίου καθιστούσε αδύνατη κάθε επικοινωνία της πόλης με την ύπαιθρο, οι αμυνόμενοι έχτισαν την έξοδο των πολιτικών πυλών διατηρώντας σε χρήση μόνο τις στρατιωτικές του χερσαίου τείχους.
Οι πύλες που υπήρχαν στον οχυρωματικό περίβολο του Χάνδακα ήταν οι παρακάτω: