Η πύλη του Μόλου, από τις παλαιότερες του Χάνδακα, εξασφάλιζε την επικοινωνία της πόλης με το λιμάνι της. Ήταν η μοναδική από τις πύλες του οχυρού περιβόλου της Β΄ Βυζαντινής περιόδου, η οποία παρέμεινε σε χρήση στη διάρκεια της Βενετοκρατίας και Τουρκοκρατίας. |
 Στο βάθος, διακρίνεται η πύλη του Μόλου |
Η πύλη κατά τη Β΄ Βυζαντινή περίοδο, ήταν κατασκευασμένη ακριβώς μπροστά από τη θάλασσα, η οποία στο σημείο αυτό εισχωρούσε σαν μικρή υδάτινη λωρίδα μέσα στην ξηρά. Αιώνες αργότερα οι Βενετοί επιχωμάτωσαν αυτή την υδάτινη λωρίδα και δημιούργησαν το δυτικό μόλο που οδηγούσε στο Φρούριο στη θάλασσα, τον μετέπειτα Κούλε. Η πύλη το 1566 ενισχύεται προς το εσωτερικό της πόλης, με θολοσκεπή κατασκευή. Έτσι μετατρέπεται σε μεγάλη πύλη την οποία έκλειναν και ασφάλιζαν τρία θυρόφυλλα. Τα θυρώματα στην είσοδο και στην έξοδο είχαν απλή μορφή και τοξωτό υπέρθυρο. Κοντά στην πύλη υπήρχε φυλάκιο όπου λειτουργούσαν εγκαταστάσεις του τελωνείου. Εκεί γινόταν η πληρωμή των φόρων και των δασμών για τα διακινούμενα προϊόντα από το λιμάνι.
Κατά την Τουρκοκρατία, η πύλη συνέχισε να εξυπηρετεί την πόλη και το λιμάνι της. Καταστράφηκε από φωτιά κατά τη διάρκεια των τραγικών γεγονότων της 25ης Αυγούστου 1898.