Το λιμάνι του Χάνδακα αναφέρεται στα βυζαντινά έγγραφα ως "Anima" ψυχή, δηλαδή, της πρωτεύουσας του "Βασιλείου της Κρήτης". Μεγάλος διαμετακομιστικός σταθμός του βενετικού εμπορίου, οργανώθηκε και ως ο σημαντικότερος ναύσταθμος του πολεμικού στόλου της "Γαληνοτάτης Δημοκρατίας του Αδρία" στην ανατολική Μεσόγειο. Ένα ισχυρό και επιβλητικό φρούριο κατασκευάστηκε στην είσοδό του, ενώ δημιουργήθηκαν μεγάλες εγκαταστάσεις νεωρίων (Arsenali) στις άκρες του λιμανιού. Οι Βενετοί κατέβαλαν συνεχώς προσπάθειες για τη βελτίωση και διατήρηση σε καλή κατάσταση των διαφόρων λιμενικών εγκαταστάσεων, τη συντήρηση των μόλων και τον καθαρισμό του πυθμένα.
Η φροντίδα της Βενετίας να οργανώσει ένα μεγάλο και σημαντικό λιμάνι άρχισε από τα πρώτα χρόνια της κατάκτησης. Οι βραχώδεις εξάρσεις που όριζαν τη δυτική και ανατολική πλευρά του βυζαντινού λιμανιού, χρησίμευσαν ως βάση για τη δημιουργία πρώτα του δυτικού και έπειτα του ανατολικού μόλου. Στους μόλους ανοίχτηκαν υποθαλάσσιες δίοδοι, από τις οποίες κυκλοφορούσε το νερό της θάλασσας, διευκολύνοντας σημαντικά το φυσικό καθαρισμό του λιμανιού. Εκεί που τελείωνε ο δυτικός μόλος κατασκευάστηκε το φρούριο στη θάλασσα (Rocca a Mare) το οποίο επικράτησε να λέγεται, από την τουρκική ονομασία του, Κούλες. Στη νότια και ανατολική πλευρά του λιμανιού κατασκευάστηκαν τα μεγάλα Νεώρια ενώ ένα πλήθος άλλων εγκαταστάσεων συμπλήρωνε τη λειτουργία του ναυστάθμου.
Η επικοινωνία του λιμανιού με την πόλη εξασφαλιζόταν από δυο κύριες πύλες, την Πύλη του Μόλου στη νοτιοδυτική πλευρά η οποία υπήρχε από τη β΄ βυζαντινή περίοδο και την Πύλη των Νεωρίων που δημιουργήθηκε αργότερα. Με τον καιρό δημιουργήθηκαν και άλλες δευτερεύουσες πύλες, οι οποίες χρησίμευαν για την επικοινωνία των χώρων των Νεωρίων μεταξύ τους ή με την πόλη.
Τα μεγαλύτερα προβλήματα που αντιμετώπισαν οι Βενετοί στην οργάνωση του λιμανιού ήταν ο βορειο-βορειοδυτικός προσανατολισμός της παράκτιας ζώνης και η σαφώς καθορισμένη, από τις φυσικές βραχώδεις εξάρσεις, έκταση της λεκάνης του. Οι ισχυροί βορειοδυτικοί άνεμοι που συνήθως πνέουν στην περιοχή δημιουργούσαν ισχυρότατους θαλάσσιους κυματισμούς, με αποτέλεσμα στις παραθαλάσσιες κατασκευές να παρουσιάζονται συνεχώς φθορές και συχνά να καταρρέουν εκτεταμένα τμήματα τείχους. Οι Βενετοί είχαν βέβαια αναπτύξει τεχνικές μεθόδους για να κατασκευάζουν λιμενικά έργα. Αλλά οι μέθοδοί τους ήταν προσαρμοσμένες στις κλειστές λιμνοθάλασσες της πατρίδας τους και δεν είχαν την ίδια αποτελεσματικότητα στα ανοιχτά πελάγη. Έτσι, παρά την ικανότητα των μηχανικών και τις συνεχείς προσπάθειες, υπήρχαν πάντοτε σοβαρά προβλήματα τόσο στο λιμάνι, όσο και σε όλα τα παράκτια τμήματα της οχύρωσης.
Μια άλλη δυσκολία ήταν ότι δεν μπορούσαν να κάνουν επέκταση του χώρου του λιμανιού με αποτέλεσμα να υπάρχουν διαρκώς σημαντικές δυσκολίες και άλυτα προβλήματα. Η επιφάνειά του ήταν πάντα 33.800 τ.μ. και η είσοδός του είχε άνοιγμα 40 μ.
Το πρώτο μισό του 16ου αι. ασχολούνταν συνεχώς με τον καθαρισμό του πυθμένα του λιμανιού και την επισκευή των ζημιών που προκαλούσαν τα κύματα. Μάλιστα το 1554 τα πράγματα δυσκόλεψαν ακόμα περισσότερο. Τα όμβρια νερά και τα λύματα έπεφταν στο λιμάνι και κάθε είδους υλικά επικάθονταν στον πυθμένα με αποτέλεσμα πολλές φορές να είναι αδύνατη η πλεύση ακόμα και μικρών σκαφών. Συχνά τα καράβια ήταν αναγκασμένα να παραλαμβάνουν μόνο το μισό του φορτίου τους από το λιμάνι του Χάνδακα, ενώ το άλλο μισό το φόρτωναν από το λιμάνι των Φρασκιών.
Για πολλά χρόνια μετά, ως την εποχή της πολιορκίας, επαναλαμβάνονται κατά διαστήματα οι προσπάθειες για τον καθαρισμό του πυθμένα και την επισκευή των μόλων.
Σήμερα ο ανατολικός μόλος έχει γκρεμιστεί. Στη θέση του υπάρχει "Μαρίνα".