Στο χώρο που είναι σήμερα η Νομαρχία, τα Δικαστήρια και άλλες δημόσιες υπηρεσίες είχαν χτιστεί το 16ο αιώνα οι Στρατώνες του Αγίου Γεωργίου. Πριν να χτιστούν, ο μισθοφορικός στρατός της Βενετίας έμενε στα σπίτια φτωχών οικογενειών.
Ύστερα από την κατασκευή του νέου φρουριακού περιβόλου και τη διαφαινόμενη πια τουρκική απειλή και κατά συνέπεια την αύξηση της φρουράς, αποφασίστηκε να χτιστούν 6-7 στρατώνες, κοντά στις πύλες των τειχών.
Στην ανατολική πύλη του Αγίου Γεωργίου χτίστηκε, γύρω στα 1585, ο σπουδαιότερος και μεγαλύτερος στρατώνας που πήρε το όνομά του από την ομώνυμη πύλη. Οι διαστάσεις του ήταν σε μήκος και πλάτος οι ίδιες με το σημερινό κτίριο, αφού χτίστηκε στα θεμέλια του βενετσιάνικου στρατώνα.
Όταν ήρθε στο Χάνδακα, ως γενικός προβλεπτής, ο Φραγκίσκο Μοροζίνι ανοικοδόμησε το διάδρομο που είχε καταστραφεί και τον στέγασε με θόλο που εξυπηρετούσε τους στρατιώτες, απάλυνε την όραση στους επισκέπτες και έκανε αθάνατο το ωραίο οικοδόμημα.
Οι βενετσιάνικοι στρατώνες είχαν επίσης ειδικές αίθουσες για κατοικίες των αξιωματικών. Ως κτίριο ήταν κόσμημα για την πόλη. Οι Τούρκοι όταν κατέλαβαν το Χάνδακα, χρησιμοποίησαν το στρατώνα για τους στρατιώτες τους.
Με το σεισμό του 1856 ερειπώθηκε και ανοικοδομήθηκε το 1883. Το νέο κτίριο ήταν κι αυτό συνεχές, ξυλόστεγο αλλά χωρίς το διάδρομο του βενετσιάνικου. Η βόρεια κεντρική είσοδος των νέων στρατώνων, η σημερινή είσοδος του Δικαστικού μεγάρου, από ωραίο μάρμαρο μα ανάγλυφα, ήταν πριν στη μονή του Αγίου Φραγκίσκου.
Τη δεκαετία του 1930, το κτίριο χωρίστηκε σε τρία τμήματα με ενδιάμεσες πλατείες. Επίσης η στέγη και τα πατώματα έγιναν τσιμεντένια.