Είναι στο σημερινό δρόμο Μάρκου Μουσούρου. Σώζεται σε άριστη κατάσταση.
Πότε ακριβώς ιδρύθηκε δεν είναι γνωστό, αλλά είναι από τις αρχαιότερες λατινικές μονές στην Κρήτη. Τα κελιά και οι ξενώνες της μονής βρίσκονταν εκεί που είναι σήμερα ο δρόμος. Τα τελευταία χρόνια της Βενετοκρατίας είχε εγκαταλειφθεί και παραχωρήθηκε στους Καπουκίνους.
Την Τουρκοκρατία δωρήθηκε στο διοικητή του Χάνδακα Αγκεμπούτ Αχμέτ πασά, ο οποίος τη μετέτρεψε σε τζαμί γνωστό έκτοτε Αγκεμπούτ Τζαμισί ή Κουχιακλί τζαμί, δηλαδή με τόξα-καμάρες.
Το 1922 φιλοξένησε για χρόνια πρόσφυγες από τη Μικρά Ασία. Ύστερα από την ανταλλαγή των πληθυσμών της συνθήκης της Λωζάνης, περιήλθε στην κυριότητα του Ελληνικού Δημοσίου και εκποιήθηκε ο ναός, σαν ένα τούρκικο σπίτι σε ιδιώτη. Αργότερα αγοράστηκε από την Αρχαιολογική Υπηρεσία και αναστηλώθηκε με δαπάνες της Υπηρεσίας αυτής και με την οικονομική βοήθεια της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης.