Ήταν το μοναστήρι του τάγματος των Δομινικανών μοναχών του Χάνδακα.
Ιδρύθηκε τα πρώτα χρόνια της Βενετοκρατίας. Ο ναός ήταν μονόκλιτη ξυλόστεγη βασιλική με πολλά γοτθικά στοιχεία. Έπαθε μεγάλη ζημιά το 1508 που έγινε μεγάλος σεισμός.
Την περίοδο της Τουρκοκρατίας ο ναός του Αγίου Πέτρου έγινε τζαμί αφιερωμένο στο σουλτάνο Ιμπραχίμ.
Σήμερα θεωρείται διατηρητέο μνημείο και γίνονται προσπάθειες αναστήλωσης και ανοικοδόμησης.