Το 1204 αρχίζει μια καινούρια περίοδος για ολόκληρη την Κρήτη και ιδιαίτερα για το Χάνδακα. Ο Αλέξιος Δ΄ για να αποκαταστήσει στο θρόνο του Βυζαντίου τον πατέρα του Ισαάκιο Β΄, που τον εκθρόνισε ο αδερφός του Αλέξιος Γ΄, ζήτησε τη βοήθεια του Πάπα και του θείου του Φιλίππου.
Αυτοί τον παρέπεμψαν στους Σταυροφόρους που είχαν ξεκινήσει για την Δ΄ Σταυροφορία τους. Όμως αντί να πάνε στους Αγίους Τόπους, άλλαξαν πορεία για την Κων/πολη. Την κατέλαβαν και μοιράστηκαν τα περισσότερα εδάφη της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας.
Η Κρήτη έπεσε στο μερίδιο του Βονιφάτιου του Μομφερατικού. Αυτός όμως δε διέθετε στρατιωτική δύναμη για να γίνει κύριος της Κρήτης. Αυτό το γεγονός εκμεταλλεύτηκε ο πονηρός Δόγης της Βενετίας, Ερρίκος Δάνδαλος, ο οποίος πρότεινε στο Βονιφάτιο, προσφέροντάς του πολλά χρήματα και διάφορα άλλα ανταλλάγματα, να παραχωρήσει στους Βενετούς "τα δικαιώματά του" στην Κρήτη.
Οι Βενετοί απασχολημένοι με την κατοχή της μερίδας που πήραν από το Βυζαντινό Κράτος, δεν μπόρεσαν να καταλάβουν αμέσως το νησί. Έτσι επωφελήθηκε ο Γενουάτης πειρατής Ερ. Πεσκατόρε, γνωστός ως κόμης της Μάλτας και κατέλαβε το Χάνδακα το 1206 και έπειτα ολόκληρη την Κρήτη, όπου έχτισε σε διάφορα επίκαιρα σημεία 15 φρούρια για να αμυνθεί κατά των Βενετών.
Ύστερα από πόλεμο, που συνεχίστηκε για πέντε χρόνια, οι Βενετοί κατόρθωσαν να διώξουν τον Πεσκατόρε και να εγκαταστήσουν στο Χάνδακα το 1211 τον πρώτο Δούκα του "Βασιλείου της Κρήτης". Έτσι άρχισε η περίοδος της Βενετοκρατίας στην Κρήτη που κράτησε 457 ολόκληρα χρόνια ως το 1669.