Μια από τις πιο σημαντικές εκκλησίες του Χάνδακα. Σε τουρκικά έγγραφα αναφέρεται Κερά Μαγμένη ή Κερά φτα Μεγάλη ή Κερά Ματρομύτη ή Κερά Μεγάλη. Βρισκόταν στην αρχή της σημερινής οδού 1866 και ήταν τρίκλιτη βασιλική. Το χτίσιμό της ολοκληρώθηκε στα τέλη του 1583.
Μετά την άλωση του Χάνδακα από τους Τούρκους στα 1669 δωρήθηκε από το Σουλτάνο στον Αγά των Γενιτσάρων Απτουρραχμάν, ο οποίος τη μετέτρεψε σε τζαμί. Το τέμενος αυτό αποκαλούνταν από το όνομα του ιδιοκτήτη του, Αγά Τζαμί ή Άπτι Αγά Τζαμί. Σώζεται μάλιστα το αφιερωτήριο του Αγά, με το οποίο μετέτρεψε την εκκλησία της Τριμάρτυρης σε τέμενος με το όνομά του. Σε ορισμένα έγγραφα και χάρτες η εκκλησία αναφέρεται ως "Ναός των Τριών Μαρτύρων". 'Ενα σημαντικό έγγραφο της 2ης Ιουλίου 1578 κάνει έμμεση αναφορά στην ανέγερση του ναού της Κερά Τριμάρτυρης.
Σήμερα δεν υπάρχει τίποτα από την Τριμάρτυρη.