Η εκκλησία βρισκόταν στη θέση της σημερινής Ιονικής και Λαϊκής Τράπεζας στην σημερινή οδό Μαρτύρων 25ης Αυγούστου. Χτίστηκε το 1595 προς τιμήν του Αγίου Ρόκκου ο οποίος ήταν Γάλλος ευγενής και έζησε το 1295-1327. Έγινε γνωστός για τις φιλανθρωπικές του δραστηριότητες και την αυταπάρνηση που έδειξε, βοηθώντας τους αρρώστους από πανούκλα στην Ιταλία που είχε βρεθεί ως προσκυνητής. Για τους λόγους αυτούς η εκκλησία τον ανακήρυξε Άγιο, αντίστοιχο στις θαυματουργικές ικανότητες με τον Άγιο Χαράλαμπο της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Ο ναός είχε οκταγωνική μορφή με τρούλο. Χτίστηκε από ελεημοσύνες των πιστών, προς τιμή του Αγίου μετά τη λήξη της φοβερής πανούκλας που μάστιζε το Χάνδακα, ανάμεσα στα 1592-1594. Με την άλωση του Χάνδακα από τους Τούρκους μετατράπηκε σε λουτρό από τον Δεφτερδάρ Αχμέτ Πασά, ενώ αργότερα έγινε μακαρονοποιείο.
Ο ναός καταστράφηκε από φωτιά κατά τη φοβερή σφαγή της 25ης Αυγούστου 1898. Μετά την απελευθέρωση της Κρήτης (1913) κατεδαφίστηκε και στη θέση του χτίστηκε η Ιονική Τράπεζα.