Ο ναός του Αγίου Ιωάννη του Βαπτιστή σώζεται σχεδόν ακέραιος, στη συμβολή των οδών Καρτερού και 1821, που σήμερα στεγάζει ένα κατάστημα ηλεκτρικών ειδών και ένα με είδη ένδυσης.
Στο χάρτη του Werdmuller αναφέρεται ως "San Giovanni" με χρονολογία 1271. Η εκκλησία αναφέρεται και από το Gerola, ο οποίος έκανε την κάτοψή της. Ήταν λατινική εκκλησία του Τάγματος των Φραγκισκανών, στην οποία τάφηκαν οι Δούκες Petro Badoer και Petro Emiliani. Οι Τούρκοι τη μετέτρεψαν σε τζαμί του Μαχμούτ Αγά (ή Σεϊτάν Ογλού) που σημαίνει ο δαιμόνιος άνθρωπος.
Ο ναός ήταν δίκλιτος και στεγαζόταν στο βόρειο κλίτος από ξύλινη στέγη και στα ανατολικά με κυλινδρικό θόλο. Το νότιο κλίτος στεγαζόταν το μισό με δίκλιτη στέγη και το άλλο μισό με δυο τρούλους χωρίς τύμπανο, που κατά τον Gerola, έμοιαζαν τουρκικής κατασκευής.
Ο ναός μετά την απελευθέρωση από τους Τούρκους έγινε κι αυτός ανταλλάξιμος και πουλήθηκε. Τη δεκαετία του 1930 στέγασε τον πρώτο βουβό κινηματογράφο του Ηρακλείου. Στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο βομβαρδίστηκε και καταστράφηκε ολόκληρο σχεδόν το ανατολικό τμήμα.