‘Ήταν μοναστήρι γυναικών, και οι πρώτες πληροφορίες προέρχονται από τη διαθήκη του ηγουμένου και ανακαινιστή της Μονής Αγκαράθου, Νήφωνα Νοταρά (1552)113. Ο Νήφων άφησε στις καλόγριες της μονής 100 υπέρπυρα. Το μοναστήρι όμως πρέπει να ήταν κατά πολύ παλαιότερο. Ο Εμμ. Μπορμπουδάκης, που επέβλεψε τις εργασίες αναστήλωσης του καθολικού, υποστηρίζει ότι η μορφή και η τεχνοτροπία των τοιχογραφιών, που τμήματά τους σώθηκαν σε δύο στρώματα, μας παραπέμπουν στο 12^ο αιώνα. Το δεύτερο στρώμα των τοιχογραφιών εκπροσωπεί, κατά τον Εμμ. Μπορμπουδάκη, την Παλαιολόγεια παράδοση όπως διαμορφώθηκε στην Κρήτη στις αρχές του Ι5ου αιώνα. Δεν είναι γνωστό λοιπόν ούτε το πώς ξεκίνησε, ούτε πώς εξελίχθηκε αυτό το γυναικείο μοναστήρι. Εκτός από το Νήφωνα Νοταρά, ένας ακόμη ηγούμενος της Μονής Αγκαράθου, ο Αρσένιος Ευδαιμονογιάννης, άφησε με τη διαθήκη του (1584)χρηματικό ποσόν 100 υπέρπυρων στις καλόγριες της Λημνιώτισσας. Στα επόμενα χρόνια συναντάμε το μοναστήρι αυτό εξάρτημα της Αγκαράθου. Δεν είναι γνωστό το πότε καταστράφηκε το μοναστήρι της Λημνιώτισσας, πιθανότατα όμως όπως τα περισσότερα μοναστήρια της Βενετοκρατούμενης Κρήτης δεν άντεξε την τουρκική λαίλαπα του 1645-1669. Στην περιοχή της Επισκοπής Πεδιάδος, αλλά και στα γειτονικά χωριά, υπάρχουν τοπωνύμια που απηχούν παλιούς ναούς ή μοναστήρια, αλλά και πολλά ερείπια ναών, που δεν άντεξαν τη μακρά περίοδο σκότους που άρχισε μετά την τουρκική επίθεση κατά της Κρήτης. Μόνο στο κτηματολόγιο της Μονής Αγκαράθου (1866) αναφέρονται τέσσερις ερειπωμένοι ναοί στην Περιοχή Επισκοπής, μεταξύ των οποίων και η Κερά Λημνιώτισσα. (Οι υπόλοιποι ναοί: Άγιοι Απόστολοι, Άγιος Θεόδωρος, και ναός στη θέση Ρύμη, ανώνυμος ούτε το όνομα του τιμωμένου Αγίου διασώθηκε!) Μιαν αμυδρή εικόνα της κατάστασης που επικράτησε μας δίνει τουρκικό έγγραφο του 1699. Το έγγραφο αφορά το γειτονικό Βάθεια. Ίδια περίπου ήταν η τύχη και της γυναικείας Μονής της Λημνιώτισσας. Τα κελλιά και τα υπόλοιπα κτήρια κατέπεσαν καιμε την πάροδο του χρόνου εξαφανίστηκε κάθε ίχνος τους. Τα γύρω χωράφια καλλιεργήθηκαν. Ο ναός άντεξε περισσότερο, αλλά κι εκείνος υπέστη σημαντικές φθορές. Είναι χαρακτηριστικό το ότι ούτε στο κτηματολόγιο του 1866 ούτε σ’ εκείνο του 1919 φαίνεται να υπήρχαν κτήρια ή ερείπια κτηρίων γύρω από το ναό. Αν και οι περισσότερες λαξευμένες πέτρες έχουν μεταφερθεί αλλού (όπως συμβαίνει συνήθως) για την κατασκευή άλλων κτηρίων, εν τούτοις μπορεί να διακρίνει κανείς σε αρκετή από στάση από το ναό πέτρες που πιθανότατα προέρχονται από τα κτήρια της μονής.