Το λαμπρό αυτό ιερό της Λιβυκής ερήμου, που είχε έντονο ελληνικό ύφος, όπως μαρτυρούν οι σωζόμενες επιγραφές, διατηρήθηκε ακόμη και μετά την αραβική κατάκτηση της περιοχής (μέσα του 7ου αιώνα). Η μεταβολή όμως των ιστορικών συνθηκών και οι συνεχείς επιδρομές των νομάδων της Λιβυκής ερήμου ερήμωσαν την πόλη του αγίου Μηνά και την αφάνισαν.

Σύμφωνα με μεταγενέστερο αραβικό συναξάριο, το λείψανό του αγίου μεταφέρθηκε επί της πατριαρχείας του Βενιαμίν Β΄ (1327-1339μ.Χ.) στο Κάιρο, όπου ιδρύθηκε νέος ναός του αγίου Μηνά, σωζόμενος μέχρι σήμερα.

Κατά τις ανασκαφές του Kaufmann, που διήρκεσαν από το 1905 έως το 1909 αποκαλύφθηκε η έκταση και το μεγαλείο της πόλης και του ιερού. Ανασκάφηκε η βασιλική του αυτοκράτορα Αρκαδίου με όλο το συγκρότημα των κτιρίων της, το βαπτιστήριο, τα κοινόβια, η πηγή του αγιάσματος, οι θέρμες, οι φούρνοι τα κοιμητήρια κ.λ.π. Η πληθωρική παρουσία ελληνικών επιγραφών βεβαιώνει τον ελληνικό χαρακτήρα του ιερού. Χαρακτηριστικά ευρήματα των ανασκαφών στην πόλη του Αγίου Μηνά είναι οι λεγόμενες «ευλογίες».