Η περίοδος 1883 - 1895

Οι άσχημες συνθήκες στην Κρήτη μετά την επανάσταση του 1866 και κυρίως η οικονομική εξαθλίωση των χριστιανών δεν επέτρεπαν την επανάληψη των εργασιών στον ανεγειρόμενο ναό. Έτσι πέρασαν 17 χρόνια χωρίς καμιά ουσιαστική πρόοδο. Βέβαια το ενδιαφέρον των χριστιανών ήταν άγρυπνο και έτσι συγκέντρωναν χρηματικά ποσά από δωρεές και εράνους. Μάλιστα στην Χριστιανική Ορφανική Τράπεζα υπήρχε ειδικός λογαριασμός όπου συγκεντρώνονταν τα ποσά.

Οι συνθήκες άρχισαν να διαγράφονται ευνοϊκότερες μετά την επανάσταση του 1878 και την παραχώρηση νέων προνομίων με τη Σύμβαση της Χαλέπας.

Η επανάληψη των εργασιών άρχισε μόλις τον Ιανουάριο του 1883, με τον δραστήριο μητροπολίτη Τιμόθεο Καστρινογιαννάκη (1882-1897).

Ένα από τα πρώτα μελήματα του ήταν η ανασύσταση και ενεργοποίηση της Επιτροπής Ανέγερσης του Ναού.

Οι προαιρετικές εισφορές δεν μπορούσαν να καλύψουν τη δαπάνη του έργου. Έτσι επιβλήθηκε ένα είδος φορολογίας επί των προϊόντων της κρητικής γης, ιδιαίτερα σε περιόδους ευφορίας και πλούσιας συγκομιδής. Μια εγκύκλιος της Επιτροπής, που δημοσιεύεται στην εφημερίδα «Μίνως» ( φ. 129, 30 Ιουλίου 1883 ) στους ιερείς, στους δημογέροντες, στους πρόκριτους και γενικά σε όλη τη χριστιανική κοινότητα των επαρχιών Μαλεβιζίου και Τεμένους : «η Επιτροπή έλαβε το απλούν και εύκολον μέτρον όπως εξ εκάστου των εις την πόλιν μετακομιζομένων φορτίων σταφυλών και σταφίδων προς πώλησιν, κρατείται από τους αγοραστάς, μεθ' ων συνεννοήθη, δια μεν τα σταφύλια εν μεταλλίκι, δια δε τας σταφίδας δυο μεταλλίκια το φορτίον». Η Επιτροπή κυκλοφόρησε και ειδικό « Λαχείον υπέρ της οικοδομής του ναού», του οποίου η πρώτη κλήρωση έγινε την 1 Φεβρουαρίου 1885.

Έτσι με αυτό τον ενθουσιασμό και τη σταθερή πορεία οι εργασίες προχώρησαν παρά τις εσωτερικές κρίσεις και την αστάθεια των πολιτικών πραγμάτων στην Κρήτη.

Μητροπολίτης Κρήτης Τιμόθεος Καστρινογιαννάκης (1882-1897)
Το τέλος του 1894 ο ναός ήταν σχεδόν έτοιμος.

Ο καλλωπισμός του ναού και ο εξοπλισμός του με εικόνες, ιερά σκεύη, άμφια ήταν έργο δύσκολο. Οι ανάγκες στην αρχή καλύφθηκαν προχείρως.

Ο Μητροπολίτης Κρήτης Τιμόθεος Καστρινογιαννάκης (1882 - 1897)
Ο 'Αγιος Σπυρίδων εικόνα του νέου ναού  

Το πρώτο τέμπλο όπως και ο αρχιεπισκοπικός θρόνος ήταν ξύλινος ενώ άμβωνας δεν υπήρχε. Πολλές από τις εικόνες του παλαιού ναού χρησιμοποιήθηκαν στον νέο.

Τα περισσότερα παλαιά κειμήλια του ναού χάθηκαν ή καταστράφηκαν. Πληροφορίες σχετικά με αυτά μας αναφέρει ο καθηγητής Θ. Δετοράκης (στο βιβλίο του «Μηνάς ο Μεγαλομάρτυς»,σελ.124 έκδοση Ι. Μ. Ναού Αγίου Μηνά Ηρακλείου). Σύμφωνα μ' αυτές το1893 αγοράστηκε με πρωτοβουλία του Μητροπολίτη και δαπάνη ευσεβών κυρίων «σώμα επιταφίου χρυσοκεντήτου φιλοτεχνηθέντος εν Ρωσσία». Η εικόνα του σημερινού προσκυνηταρίου με τον Άγιο Μηνά έφιππο και με επάργυρη επικάλυψη είναι αφιέρωμα του Πανανού Θεοδοσάκη στον ναό το 1891. Την εικόνα του Αγίου Σπυρίδωνα σε κοσμημένο ξύλινο προσκυνητάρι, που βρίσκεται και σήμερα στο ναό, αφιέρωσε η συντεχνία των πλακουντοποιών του Ηρακλείου

Ο Άγιος Σπυρίδων (Δωρεά του Σωματείου Πλακουντοποιών), του Ευάγ.Μαρκογιαννάκη