Σ' αυτό το συνοπτικό χρονολόγιο παρουσιάζονται τα πιο σημαντικά γεγονότα που σχετίζονται είτε με την ιστορία του τόπου, την περίοδο που συμπίπτει με την ανέγερση του Ναού του Αγίου Μηνά και με τα πρώτα χρόνια της λειτουργίας του είτε με την ανέγερση του που αποτελεί η ίδια ένα «επεισόδιο» που παρεμβάλλεται μεταξύ κάποιων επαναστατικών δρώμενων ή τα επικαλύπτει.
1858. Με ειδικό φιρμάνι που εκδόθηκε στις 7 Ιουλίου 1858 παραχωρήθηκαν στους Κρητικούς και κατοχυρώθηκαν προνόμια θρησκευτικά, φορολογικά, διοικητικά και δικαστικά. Ιδιαίτερη σημασία είχε το δικαίωμα οπλοφορίας των Χριστιανών, καθώς και η σύσταση των Δημογεροντιών. Οι Δημογεροντίες που συστήθηκαν στις έδρες των τριών διαμερισμάτων της Κρήτης (Χανίων, Ρεθύμνης, Ηρακλείου) είχαν άμεση εξάρτηση από την Εκκλησία.
1862. Αρχιερατούντος Κρήτης Διονυσίου του εξ Ανδριανουπόλεως κατετέθη ο πρώτος θεμέλιος λίθος του Καθεδρικού του αγίου Μηνά την 25η Μαρτίου.
1866. Η πρώτη μεγάλη παγκρήτια συνέλευση στα Μπουτσουνάρια των Χανίων, στην εκεί Μονή της Αγίας Κυριακής, συντάσσει υπόμνημα στο Σουλτάνο στο οποίο αναφέρονται μεταξύ άλλων: «... Η ζωή των πατέρων ημών και ημών των ιδίων υπήρξε σειρά καταπιέσεων, αδικιών και δυστυχημάτων... Η Δικαιοσύνη είναι παρ' ημήν άγνωστος... Είμεθα παντελώς δούλοι της ετέρας φυλής». Το έργο της ανέγερσης του Καθεδρικού Ναού του αγίου Μηνά, οι τοίχοι του οποίου είχαν φτάσει σε ύψος τεσσάρων περίπου μέτρων, διεκόπη την 31η Ιουλίου «δια τους επιγενομένους τη ημετέρα πατρίδι χαλεπούς καιρούς».
1866. Στις 9 Νοεμβρίου οι πολιορκούμενοι της Ιερά Μονής του Αρκαδίου ανατίναξαν την πυριταδαποθήκη και μαζί μ' αυτήν τους πολιορκημένους και τους αλλόθρησκους πολιορκητές.
1867. Τον Σεπτέμβριο ο Σουλτάνος χορηγεί γενική αμνηστία.
1868. Στις 8 Ιανουαρίου χορηγείται στην Κρήτη ο οργανικός νόμος με τον οποίο διοικείται την επόμενη δεκαετία.
1869. Τον Ιανουάριο επικηρύσσονται οι αρχηγοί της επανάστασης.
1878. Τον Ιανουάριο κηρύσσεται επανάσταση κατά των Τούρκων. Τον Οκτώβριο υπογράφεται η σύμβαση της Χαλέπας που απετέλεσε νέο πολιτικό οργανισμό της Κρήτης.
1883. Στις 17 Ιανουαρίου, αρχιερατεύοντος Κρήτης Τιμοθέου Καστρινογιαννάκη, ανελήφθη το διακοπέν έργον της ανέγερσης του Καθεδρικού Ναού του Αγίου Μηνά.
1888. Προβάλλεται η ιδέα για αγγλική «προστασία» της Κρήτης, που δεν βρίσκει ανταπόκριση στο λαό.
1889. Στη γενική συνέλευση της 6ης Μαϊου 1889 κατατίθεται ψήφισμα με το οποίο κηρύσσεται η Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Η πράξη ήταν «παράνομη» και ευθέως επαναστατική. Η Τουρκία ανακαλεί το γενικό Διοικητή Σαρτίνσκυ και στέλνει τον σκληροτράχηλο Σακήρ Πασά. Τα στρατοδικεία λειτουργούν και οι θανατικές εκτελέσεις είναι καθημερινές σε όλη την Κρήτη.
1892. Τον Σεπτέμβριο εκδηλώνεται ένα περιορισμένο κίμημα στα Σφακιά που δε βρίσκει απήχηση στις άλλες επαρχίες.
1895. Η μεγάλη σφαγή των Αρμενίων (Ιανουάριος) συγκλονίζει τη διεθνή κοινή γνώμη και δημιουργεί δυσμενές κλίμα σε βάρος της Τουρκίας. Νέος γενικός Διοικητής Κρήτης (Μάρτιος) ο Αλέξανδρος Καρεθεοδωρής. 16 Απριλίου εγκαινιάζεται ο Καθεδρικός Ναός του Αγίου Μηνά.
1896. Στις 26 Ιουνίου οι Τούρκοι κατέσφαξαν τους μοναχούς της Μονής του Αγίου Ιωάννη στην Ανώπολη και κατέστρεψαν τα χωριά της περιοχής. Επιδίδεται ο νέος οργανισμός της Κρήτης με τον οποίο παραχωρείται πλήρης οικονομική και δικαστική ανεξαρτησία με την εγγύηση των Μεγάλων Δυνάμεων. Το Αύγουστο λήγει η επανάσταση που έμεινε γνωστή ως «τυχερή».
1897. Την 1η Φεβρουαρίου κηρύσσεται επανάσταση κατά των Τούρκων και η Ένωση με την Ελλάδα. Στις 21 Απριλίου η Ελλάδα ανακαλεί τις δυνάμεις της από την Κρήτη.
1898. Στις 25 Αυγούστου οι Τούρκοι σφάζουν εκατοντάδες Χριστιανών στο Ηράκλειο, καθώς και 17 Άγγλους στρατιώτες. Στις 2 Νοεμβρίου και ο τελευταίος Τούρκος στρατιώτης εγκαταλείπει την Κρήτη. Στις 9 Δεκεμβρίου αποβιβάστηκε στη Σούδα ο ύπατος αρμοστής Πρίγκιπας Γεώργιος.
1905. Στις 10 Μαρτίου κηρύσσεται το κίνημα του Θερίσσου.
1906. Τον Σεπτέμβριο αναλαμβάνει ο νέος αρμοστής Αλέξανδρος Ζαϊμης.
1909. Στις 24 Ιουλίου αποχωρούν και τα τελευταία στρατιωτικά αγήματα των Μεγάλων Δυνάμεων.
1913. Την 1η Δεκεμβρίου ενώνεται επισήμως η Κρήτη με την Ελλάδα και λήγει η τουρκοκρατία στην Κρήτη (1669 - 1913).
