Η Οδηγήτρια όπως και τα περισσότεροι μοναστήρια, από άποψη σχεδιασμού και κατασκευής είναι φρουριακού τύπου. Περιβάλλεται δηλαδή από ψηλό οχυρωματικό περίβολο με οχυρό πύργο στη Βορειοδυτική γωνία που είναι γνωστός ως Πύργος του Ξωπατέρα και τριγύρω τα διάφορα κτίρια της Μονής, ενώ στο κέντρο της εσωτερικής αυλής βρίσκεται ο ναός του μοναστηριού. Τόσο ο περίβολος όσο και τα διάφορα κτίρια εtναι άγνωστο πότε κτίστηκαν. Σύμφωνα με την παράδοση, στον χώρο αυτό υπήρχε ο Πύργος που κτίστηκε με εντολή του Νικηφόρου Φωκά μετά την απελευθέρωση της Κρήτης από τους Άραβες (961 μ.Χ.). Όταν ιδρύθηκε το μοναστήρι (μεταξύ 14ου και του 15ου αιώνα), ο Πύργος ανακαινίστηκε και άρχισε η ανοικοδόμηση των διαφόρων κτηρίων, στο εσωτερικό του οχυρωματικού τοίχου που περιέβαλε το μοναστήρι. Βέβαια κατά καιρούς έχουν γίνει πολλές επιδιορθώσεις και επεμβάσεις, πράγμα που φαίνεται από τις διάφορες εγχάρακτες επιγραφές σε ανώφυλλα θυρών όπως αναφέρονται παρακάτω. Ο Πύργος έχει επισκευαστεί αρκετές φορές και πιθανόν να υπέστει φθορές και την περίοδο που είχε κλειστεί σ’ αυτόν και πολεμούσε ο Ξωπατέρας εναντίον των Τούρκων οπότε και εφονεύθει, στις 17 Φεβρουαρίου 1829. Παρ’ όλα αυτά ο Πύργος διατηρεί τα βασικά αρχικά χαρακτηριστικά του, όπως την παλιά Καταχύτρα ή Φονιά, πάνω από την είσοδό του, στην κορυφή σχεδόν του κτιρίου απ’ όπου οι αμυνόμενοι έριχναν καυτό λάδι ή μολύβι ή ακόμη και ζεματιστό νερό πάνω στον επιδρομέα που θα προσπαθούσε να παραβιάσει την πόρτα, πράγμα που μαρτυρεί πόσο σημαντικό οχυρό ήταν εκείνα τα χρόνια το μοναστήρι. Το κτιριακό συγκρότημα της μονής είχε μία κεντρική είσοδο στην βόρεια πλευρά και από μία στην ανατολική και την Δυτική πλευρά προς το νότιο μέρος. Πάνω από την κεντρική βόρεια Πύλη υπάρχει μια πλάκα που είναι χαραγμένος ο σταυρός και τριγύρω το μονόγραμμα: IC-XC-N-K (Ιησούς Χριστός Νικά) και η χρονολογία ΑΦΞΗ (1568) που κατά πάσα πιθανότητα είναι χρονολογία ανακαίνισης. Μια άλλη επιγραφή βρίσκεται στο Μαγκιπείο (Φουρνόσπιτο) και αυτή με σταυρό και τριγύρω τα γράμματα ΙG-ΧC-ΝΗ-Κ και χρονολογία το 1782 ενώ δίπλα στο μαγκιπείο (Φουρνόσπιτο) βρίσκεται ένας ανάγλυφος σταυρός με την επιγραφή IC-XC-N-K και χρονολογία 1812. Στην Νοτιοδυτική πλευρά του περιβόλου υπάρχει διώροφο κτίριο το Ηγουμενείο όπου ο επάνω όροφος έχει διαμορφωθεί ως ξενώνας και στο ισόγειο βρίσκεται το ηγουμενείο όπου βρίσκονται τα αρχεία του μοναστηριού, έγγραφα, πατριαρχικές επιστολές, συμβόλαια, περιουσιακά βιβλία κ.λπ. που ξεκινούν από το 1830 καθ’ όσον τα προ της περιόδου αυτής αρχεία έχουν καταστραφεί από τους διάφορους επιδρομείς. Ακόμη στο Ηγουμενείο έχει δημιουργηθεί βιβλιοθήκη με αξιόλογα βιβλία. Στην Βορειοανατολική πλευρά του μοναστηριού βρίσκονται το ελαιοτριβείο και το φουρνόσπιτο ενώ δίπλα (βόρεια) από την ανατολική πύλη ήταν η αποθήκη και το πατητήρι. Δίπλα από αυτό υπάρχει η είσοδος ενός υπογείου δωματίου που λεγόταν τυροκέλλι γιατί σ’ αυτό φυλάσσονταν τα τυριά του μοναστηριού. Στον χώρο που καταλάμβαναν η αποθήκη και το πατητήρι βρίσκεται σήμερα η τραπεζαρία. Όλo τον υπόλοιπο χώρο του περιβόλου καταλαμβάνουν τα κελιά των πατέρων. Στην αυλή και κοντά στον πύργο υπάρχει ένα πηγάδι - σαρνίτσι όπου συγκεντρώνονταν τα νερά της βροχής για την ύδρευση του μοναστηριού κατά τις περιόδους αποκλεισμού του ενώ στο κέντρο της αυλής βρίσκεται ο Ναός (το καθολικό).