Το Αγιοφάραγγο βρίσκεται νότια της Μονής Οδηγήτριας και δημιουργήθηκε από τις κοίτες δύο ρεμάτων που ξεκινούν το ένα βόρεια - βορειοανατολικά από το Γυαλομονόχωρο και το άλλο βορειοανατολικά από την Οδηγήτρια. Τα δύο ρέματα συναντούνται κοντά στην Αγία Κυριακή και αφού ακολουθήσουν μια σχετικά ομαλή διαδρομή δυτικά και νότια της εκκλησίας Αγ. Κυριακής εισέρχεται στο ποροφάραγγο απ' όπου αρχίζει το κυρίως φαράγγι, το Αγιοφάραγγο και καταλήγει στο Λιβυκό πέλαγος όπου απλώνεται μια μικρή αλλά θαυμάσια παραλία.

Στη μεγαλύτερη διαδρομή του φαραγγιού υψώνονται δεξιά και αριστερά τεράστιοι κάθετοι βράχοι στους οποίους υπάρχουν πολλές σπηλιές. Το Αγιοφάραγγο είναι πολύ γραφικό και γίνεται ακόμη γραφικότερο από το γεγονός ότι μπορείς να το περάσεις μόνο πεζοπορώντας, καθώς ο τόπος είναι απομονωμένος, άγριος και τραχύς. Όλα αυτά μαζί με το γεγονός ότι βρίσκεται πάρα πολύ μακριά από κατοικημένους τόπους έκαναν το Αγιοφάραγγο το πρώτο κέντρο ασκητικού βίου όχι μόνο της περιοχής αλλά ολόκληρης της Κρήτης, από τα πρώτα κιόλας χριστιανικά χρόνια. Εξάλλου η ίδια η ονομασία της τοποθεσίας αποδίδει καλύτερα από κάθε περιγραφή την ιερότητα του χώρου. Κατηφορίζοντας το φαράγγι και 250 περίπου μέτρα πριν φτάσομε στην παραλία βρίσκεται ο ναός του Αγίου Αντωνίου που υπήρξε και το κέντρο του ασκητισμού της περιοχής, αφού σ’ αυτόν πρέπει να έκαναν όλες τις τελετουργίες της χριστιανικής λατρείας. Η εκκλησία του Αγίου Αντωνίου πιστεύεται ότι έχει ανακαινιστεί τρεις φορές για να πάρει τη σημερινή της μορφή. Κατ’ αρχήν ήταν ένα μικρό εκκλησάκι σε μια μικρή σπηλιά μέσα στο βράχο αλλά καθώς περνούσαν τα χρόνια και μεγάλωνε ο αριθμός των ασκητών χρειαζόταν μεγαλύτερη εκκλησιά γι’ αυτό και την μεγάλωσαν. Για τρίτη και τελευταία φορά ανακαινίστηκε ή μεγάλωσε κατά τον 14ο ή 15ο αιώνα και έτσι διατηρείται μέχρι σήμερα. Είναι αρίστης τεχνικής αρχιτεκτονικής και είχε τοιχογραφηθεί αλλά λόγω του ότι βρίσκεται κοντά στην θάλασσα οι τοιχογραφίες καταστράφηκαν.