Ο Θουκυδίδης έγραψε όπως αναφέρθηκε και παραπάνω την ιστορία της σύγχρονης εποχής του στην οποία έλαβε και ο ίδιος μέρος. Παρ' όλα αυτά το έργο του χαρακτηρίζεται άψογα ιστορικό καθώς και αριστούργημα έκφρασης. Στην επίτευξη αυτού του σκοπού δυο παράγοντες τον βοηθούν ιδιαίτερα: α) οι στενές σχέσεις του με τους ηγετικούς παράγοντες της Αθήνας αλλά και των αντιπάλων της, που είχε χάρη στην οικογένειακή του θέση αλλά και της μόρφωσης που είχε στο πνεύμα των σοφιστών και των υλιστών φιλοσόφων που ερευνούσαν τα πάντα, και β) σημαντικό ρόλο έπαιξε η υπόθεση της Αμφίπολης, τον άφησε έξω από την κίνηση του πολέμου και μπόρεσε να δει τα πράγματα όχι με το πάθος του αντιπάλου σ' έναν αγώνα, αλλά με του διαιτητή.

Ο ίδιος στο (Βιβλίο Α- κεφ.1) μας πληροφορεί ότι άρχισε να γράφει την ιστορία του Πελοποννησιακού πολέμου από την έναρξή του, επειδή κατανόησε τη σημασία της σύγκρουσης και τις διαστάσεις που θα έπαιρνε. Από τις πρώτες γραμμές προσπαθεί να ερευνήσει τα γεγονότα και να φωτίσει την κίνηση που υπάρχει πίσω από αυτά.

Ο Θουκυδίδης αφήνει το έργο του ημιτελές, έτσι δε βάζει σε τάξη τα γραπτά του και το έργο του δεν έχει τίτλο. Οι σχολιαστές του έδωσαν κατά καιρούς διάφορους τίτλους, αλλά τελικά επικρατεί αυτός που χρησιμοποιείται και σήμερα: " ΘΟΥΚΥΔΙΔΗ ΙΣΤΟΡΙΑΙ ". Γίνονται πολλές συζητήσεις και γράφονται πολλά σχόλια πριν το έργο του χωριστεί σε 8 βιβλία, τον οποίο διατηρούμε ως σήμερα.

Ο Θουκυδίδης ξεκινάει με διαφορετική στάση απέναντι στα γεγονότα απ' ότι ο Ηρόδοτος και οι πριν από αυτόν ιστορικοί καθώς γράφουν ιστορία εποχής πριν από αυτούς. Αναπλάθουν την ιστορία με βάση τα ελάχιστα υπάρχοντα στοιχεία, στα οποία εμφανίζεται πολύ το μυθικό στοιχείο, μεταφέρουν τους ιστορικούς μύθους στη λογική έκφραση της εποχής τους. Ο Θουκυδίδης δεν μπορεί να ντύσει την πραγματικότητα της οποίας η παρουσία είναι τόσο έντονη και σκληρή που τον πληγώνει. Αυτήν την σκληρή πραγματικότητα έχει ως αφετηρία στην προσπαθειά του να εξηγήσει τον πόλεμο λογικά, όπου δεν υπάρχει χώρος για παρέμβαση των Θεών και μυστηριωδών δυνάμεων, αλλά πρέπει να πείσει αυτούς που την έζησαν και τη δημιούργησαν και που ήταν ακόμα ζωντανοί.

Μέσα σε αυτά τα πλαίσια ο Θουκυδίδης προσπαθεί να τοποθετήσει τη σύγκρουση στο χώρο και στην ιστορία. Δεν έχει περιθώρια για θολή ατμόσφαιρα και μύθους, έτσι η ανάγκη για σαφήνεια δεν περιορίζεται μόνο στα γεγονότα της εποχής του, αλλά επεκτείνεται και στα πριν από αυτόν γεγονότα. Στα πλαίσια αυτά ο συγγραφέας κάνει ιστορική αναδρομή στον κόσμο του Αιγαίου, προσπαθώντας να δώσει το πως θα κινηθεί ο Πελοποννησιακός πόλεμος.

Η γενική κατεύθυνση στην ιστορία του, είναι η αντίληψη ότι η ιστορία της ανθρωπότητας κινείται σε μια πορεία σταθερής προόδου, από μια κατώτερη κατάσταση σε μια ανώτερη. Την ιδέα ανέπτυξαν ιδιαίτερα οι σοφιστές, απορρίπτοντας Σωκράτη - Πλάτωνα για τις ιδέες τους και τις ιδέες του Ησίοδου για τις ηλικίες παρακμής του κόσμου. Η εξέλιξη κατά την αντίληψη του Θουκυδίδη είναι δημιουργική δύναμη, από την οποία λείπει κάθε ηθικό διακριτικό.

Ο Θουκυδίδης δεν εμφανίζεται προσωπικά στο έργο του, δε μιλάει σε πρώτο πρόσωπο. Αυτό δίνει στο έργο του μια ψυχρή αντικειμενικότητα. Εμφανίζεται μόνο όπου θέλει να πει κάτι πολύ σοβαρό, όπως στην κρίση του για τον Περικλή και τη φοβερή παραμόρφωση της κοινωνικής ζωής του ανθρώπου από τον πόλεμο ή όταν προσδιορίζει τον στόχο του. Δεν κάνει κήρυγμα, γι αυτό ποτέ του δε θα κάνει αυτό που έκανε ο Ηρόδοτος, να διαβάζει αποσπάσματα του έργου του στο κοινό.